Редовна премија осигурања депозита коју плаћају банке по тзв. „ex-ante“ принципу представља основни извор финансирања Фонда за осигурање депозита (ФОД). Управни одбор Агенције за осигурање депозита Босне и Херцеговине, на приједлог директора Агенције, а најмање једном годишње, утврђује висину стопе премије осигурања за све банке. Одлука о висини стопе премије објављује се у Службеном гласнику Босне и Херцеговине.

Поред редовне премије, Агенција има могућност увођења ванредне премије у случају да средства ФОД нису довољна за исплату осигураних депозита приликом наступања случаја осигурања, и/или у случају да је Агенција у процесу финансирања реструктурисања банака претрпјела веће губитке од губитака које би имала у поступку ликвидације или стечаја банака. Одлуку о наплати ванредне премије, њеној висини и модалитетима доноси Управни одбор Агенције и иста се објављује у Службеном гласнику Босне и Херцеговине.