Агенцијом за осигурање депозита Босне и Херцеговине управља Управни одбор. Управни одбор чини пет чланова.  Гувернер Централне банке Босне и Херцеговине и министар финансија и трезора Босне и Херцеговине, или лица која они овласте, су ex officio чланови Управног одбора. Управно вијеће Централне банке може именовати једног члана Управног одбора, а министар финансија Федерације Босне и Херцеговине и министар финансија Републике Српске именују по једног члана Управног одбора. Чланови Управног одбора који нису ex officio морају бити лица која су стекла висок углед финансијског и банкарског стручњака те који имају високе моралне особине за обављање повјерених им дужности. Дужности Управног одбора регулисане су Законом о осигурању депозита у банкама Босне и Херцеговине.

Чланови Управног одбора: