Redovna premija osiguranja depozita koju plaćaju banke po tzv. „ex-ante“ principu predstavlja osnovni izvor finansiranja Fonda za osiguranje depozita (FOD). Upravni odbor Agencije za osiguranje depozita Bosne i Hercegovine, na prijedlog direktora Agencije, a najmanje jednom godišnje, utvrđuje visinu stope premije osiguranja za sve banke. Odluka o visini stope premije objavljuje se u Službenom glasniku Bosne i Hercegovine.

Pored redovne premije, Agencija ima mogućnost uvođenja vanredne premije u slučaju da sredstva FOD nisu dovoljna za isplatu osiguranih depozita prilikom nastupanja slučaja osiguranja, i/ili u slučaju da je Agencija u procesu finansiranja restrukturiranja banaka pretrpjela veće gubitke od gubitaka koje bi imala u postupku likvidacije ili stečaja banaka. Odluku o naplati vanredne premije, njenoj visini i modalitetima donosi Upravni odbor Agencije i ista se objavljuje u Službenom glasniku Bosne i Hercegovine.