Glavni izvor finansiranja Fonda za osiguranje depozita (FOD) je redovna premija osiguranja depozita koju plaćaju banke po takozvanom sistemu „ex-ante“ finansiranja. Pored redovne premije, finansiranje FOD se obezbjeđuje i kroz ostvareni višak prihoda nad rashodima Agencije za osiguranje depozita Bosne i Hercegovine, kroz proces naplate po osnovu subrogacije iz likvidacione ili stečajne mase, a moguće je i putem donacija.  Agencija ima mogućnost uvođenja vanredne premije, kao i mogućnost zaduživanja.