Главни извор финансирања Фонда за осигурање депозита (ФОД) је редовна премија осигурања депозита коју плаћају банке по такозваном систему „ex-ante“ финансирања. Поред редовне премије, финансирање ФОД се обезбјеђује и кроз остварени вишак прихода над расходима Агенције за осигурање депозита Босне и Херцеговине, кроз процес наплате по основу суброгације из ликвидационе или стечајне масе, а могуће је и путем донација.  Агенција има могућност увођења ванредне премије, као и могућност задуживања.