Glavni izvor financiranja Fonda za osiguranje depozita (FOD) je redovna premija osiguranja depozita koju plaćaju banke po takozvanom sustavu „ex-ante“ financiranja. Pored redovne premije, financiranje FOD se osigurav i kroz ostvareni višak prihoda nad rashodima Agencije za osiguranje depozita Bosne i Hercegovine, kroz proces naplate po temelju subrogacije iz likvidacione ili stečajne mase, a moguće je i putem donacija.  Agencija ima mogućnost uvođenja izvanredne premije, kao i mogućnost zaduživanja.